הסוד הבריאותי של הקפה טמון בשפע התרכובות הפעילות שהוא מכיל, כמו נוגדי חמצון, קפאין ופוליפנולים. תרכובות אלו מסייעות להפחתת דלקות בגוף, שיפור תפקוד כלי הדם ואפילו מניעת שינויים תאיים שעלולים להוביל לסרטן. הקפאין עצמו משפיע על מערכת העצבים המרכזית, מגביר ערנות ומשפר ריכוז.